Hola jartal,
Los paquetes nightly .rpm son para Suse, no tenemos paquetes nightly para Red Hat.
Es por eso por lo que te está fallando la actualización, y supongo que sería por este mismo motivo por el que te falló en su momento cuando actualizaste de la 3.2 a la 4.0.
Es probable que más adelante se generen también los paquetes nightly para Red Hat, pero por el momento no los tenemos.
Te sugeriría que actualices desde los tarball, es realmente sencillo.
https://sourceforge.net/projects/pandora/files/Nightly/Tarball/
El orden recomendado para hacer la instalación/actualización es: Agente, Consola y Server.
Para el agente utiliza ./pandora_agent_installer --install
Para la consola utiliza ./pandora_console_upgrade -p <console_path>
Para el server utiliza ./poandora_server_upgrade --upgrade
Ya nos cuentas cómo te ha ido.
Un saludo