Hola Alex,
En principio si la conexión entre las dos sedes es buena, no deberías tener ningún problema al montar el servidor en cualquiera de ellas.
Si tienes muchos chequeos de red y no quieres cargar mucho la conexión haciendo peticiones desde una sede a otra, podrías utilizar el nuevo modo broker del agente para que se haga pasar por un switch (por ejemplo) y haga esos chequeos dentro de la misma sede. De esta manera el agente enviaría toda la información en el XML y sería mucho más óptimo.
Te dejo un enlace a la documentación sobre el agente broker, por si te interesa.
http://www.openideas.info/wiki/index.php?title=Pandora_3.0:Documentation_es:Configuracion#Modo_BrokerEspero que te sea de ayuda.
Con lo que sea, aquí estamos.
Un saludo.